基于Z曲线理论的编码和非编码区序列分析.pdf

基于呃砺鄣谋嗦牒头潜嗦肭蛄蟹治中文摘要面对各种基因组计划和蛋白质组计划所得到的海量生物学数据,如何分析并从中获得生物学信息是后基因组时代的首要任务。蛄凶魑R恢忠糯镅裕不仅体现在编码序列之中,而且隐含在非编码序列之中。非编码区广泛存在于真核生物中纾说幕蜃橹蟹潜嗦肭加懈叽サ谋壤。如此众多的非编码区在生命活动中具有广泛的调控作用。目前,各种生物的大量基因和非编码区还没有完全定位,所以对编码区和非编码区的研究是后基因组时代的重要本论文主要应用张春霆院士提出的呃砺酆拖喙氐纳镄畔⒀Х椒ǘ禽流感病毒的蛋白质编码区和几种功能不同的非编码区序列进行分析。论文以数据库和械那萘鞲蠬《拘蛄泻退睦喙δ懿煌膎序列为研究对象,利用相应的绘图软件嬷瞥鲇胨≡癖嗦牖蚍潜嗦胄蛄一一对应的撸直鸺扑愠鯠序列中各种碱基的数量及在蛄兄兴比例,进而求得每一序列的俊H缓罄猛臣蒲У姆椒ǘ运们呓蟹析、比较,从而得到相关结论并以此作为预测非编码δ艿囊谰荨H缓舐畚基因组中原始注释为可能基因的个进行了重新识别。按照聚类算法中的编码指标,依据或来判定属于基因组中编码基因的数目被重新确定为个,其余的个被判定为非编码基因。关键词:撸潜嗦肭劾嗨惴ǎ鞒煞莘治觯蚴侗穑开放式阅读框,指标任务之一。又对编码或非编码。重新注释的结果是,分类号:,山东师范大学硕士学位论文
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争巾场也渗才易遏√≥他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得——ⅲ喝牧彳寺偷\独创声学位论文版权使用授权书明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其没有其他需要特别声明的,本栏可空蚱渌逃沟难换蛑な槭褂霉牟料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明学位论文作者签名:导师签字:本学位论文作者完全了解堂撞有关保留、使用学位论文的规定,有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘,允许论文被查阅和借阅。本人授权堂撞可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索,可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。C艿难宦畚脑解密后适用本授权书签字日期:并表示谢意。月签字日期:年月同/一,
在又旧戏⒈硖馕!鞍┲⒀芯康淖U鄣阋蝗死嗷蜃榈娜蛄蟹治觥保第一章绪论人类基因组计划和模式生物基因组计划年达尔文进化论的发表和年孟德尔遗传定律的发现,是十九世纪生命科学发展的里程碑,年菪峁鼓P偷奶岢龊闐重组技术的的诞生,则开辟了二十世纪分子生物学和现代生物技术的新纪元。被誉为“生命科学阿波罗计划”的人类基因组计划于年开始实施,这一耗资亿美元的工程旨在测定人类基因组亿碱基序列,发现人类所有的基因,确定它们在染色体上的位置及功能,破译全部遗传信息,使人类第一次在分子水平上全面地认识自我。年眨鞴蒲Ъ夜ú剂巳死嗷蜃楣ぷ鞑萃迹年国际人类测序协作组宣布人类基因组测序图绘制成功,是生命科学发展的又一个里程碑,标志着人类基因组时代的正式来临。随着生物信息学的迅速发展以及庑蚣际跏笛槭侄蔚牟欢辖胶腿死基因组及模式生物基因组大规模测序的顺利实施,迄今为止已有四百多种原核生物完成测序。国际三大核酸序列数据库:珽虳男蛄惺亢碱基个数也在呈指数增长,同时国际上著名的蛋白质数据库如琒—和戎械牡白灾适坑隓序列也同步呈指数增长。如何分析这些数据,从中获得生物结构、功能等的相关信息是后基因组时代的首要任务。但以前国内外主要从事的是对于蛋白质编码区相关问题的研究。由于高等真核生物,特别是人的基因组中非编码区占有高达%一%⋯种遗传语言,遗传信息不仅体现在编码序列之中,而且隐含在非编码序列之中。例如,人的大量基因和非编码区还没有完仑定位,所以对非编码区的研究是后基因组时代的巨大挑战。而对于非编码区的研究,一个最基本的工作就是它的碱基组分分析。本论文主要研究内容就是非编面马区序列的几何学分析和非编码基因的识别。年,著名生物学家、诺贝尔奖获得者雷纳托杜尔贝科山东师范大学硕士学位论文
的短文,率先提出“人类基因组计划出要从整体上研究和分析整个人类基因组及其序列。计划于年正式启动,这一价值亿美元的计划的目标是,为亿个碱基对构成的人类基因组精确测序,从而最终弄清楚每种基因制造的蛋白质及其作用。年轮泄褡技入人类基因组计划,负责测定人类基因组全部序列的ィ簿褪号染色体上的万个碱基对,使中国成为继美、英、日、德、法之后第六个国际人类基因组计划参与国,也是参与这一计划的唯一发展中国家。在美国时间年月日,美、英、日、法、德和中国科学家宣布共同绘制完***类基因组序列图,跨越年的国际人类基因组计划提前收工。这是继发现菪峁之后生命科学领域的又一里程碑,标志着人类基因组时代的正式来临。严格地说